Fazendo parte da UFSM, em 12 de fevereiro de 1970 foi criado, pelo Decreto nº 66.191, o Centro de Estudos Básicos, mantido com esse nome até 12 de julho de 1978, data que marca a reativação dos cursos de Ciências Biológicas, Física, Química, Geografia, História e Matemática (desativados em 1976). Em 30 de julho desse mesmo ano, o Centro de Estudos Básicos passa a denominar-se Centro de Ciências Naturais e Exatas (CCNE) e, a partir daí, o CCNE passou a ter a missão de priorizar a pesquisa e o conhecimento através da difusão de saberes e do incentivo à iniciativa para, então, construir e transformar a realidade.

Localizado no campus sede da UFSM, o Centro possui 8 departamentos, 16 cursos de graduação e 20 cursos de pós-graduação. Além disso, conta com três órgãos de apoio e três órgãos suplementares, que complementam a sua estrutura e fazem a sua ligação com a comunidade externa.

O Centro conta com mais de 2.000 estudantes regularmente matriculados, aproximadamente 200 docentes e cerca de 100 técnicos-administrativos em educação (TAEs). Os Cursos do CCNE encontram-se espalhados em vários prédios do campus e contabilizam um grande número de salas de aulas e laboratórios, onde os acadêmicos podem vivenciar atividades de ensino, pesquisa, extensão e inovação. 

Atualmente, o CCNE é considerado um dos maiores centros de ensino da UFSM. Por sua qualidade, é tido como um dos grandes polos de pesquisa desta Universidade e, por este motivo, é tão importante no meio acadêmico. Há mais de quatro décadas o CCNE apresenta concretizações científicas, colaborando para o desenvolvimento da UFSM e da comunidade em que está inserido.