O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão (CEPE) é um órgão deliberativo e consultiva da UFSM que trata sobre assuntos referentes ao ensino, a pesquisa e a extensão, como Calendário Acadêmico, criação e expansão de cursos, abertura e homologação de resultados de concurso público, revalidação e reconhecimento de diplomas, entre outros.

O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão reunir-se-á quinzenalmente, em sessão ordinária, e, extraordinariamente, quando convocado pelo Reitor ou a requerimento de, no mínimo, dois terços dos seus membros, indicando os assuntos a serem tratados

O CEPE é composto por 59 Conselheiros, com mandatos de dois anos, permitida uma única recondução, com exceção dos discentes que são indicados anualmente. O Conselho tem como Presidente o Reitor. 

Para melhor funcionamento, o CEPE possui duas comissões: A Comissão de Ensino, Pesquisa e Extensão (COMEPE) e a Comissão de Legislação e Normas, as quais são compostas por um representante titular, sendo um docente de cada Unidade de Ensino e de cada classe, um Técnico-Administrativo em Educação, um representante docente do EBTT e um discente. A indicação se dará pela Unidade de Ensino e, em alguns casos, por cada categoria representada, por meio de eleição. 

À COMEPE compete pronunciar-se sobre currículos e programas anuais de trabalho dos Departamentos, planos de novos cursos de graduação, de pós-graduação, de especialização e aperfeiçoamento e planos de cursos ou serviços de extensão; processos de solicitação de matrícula, transferência em grau de recurso e prorrogação em grau de recurso; quaisquer outros assuntos de ordem didática que forem submetidos ao Conselho
de Ensino, Pesquisa e Extensão, pelos Departamentos Didáticos ou coordenações de cursos; e o pronunciamento sobre assuntos relacionados à pesquisa.

Compete à CLN pronunciar-se sobre matéria de interpretação e complementação da lei e sobre a instituição de normas oriundas de outras Comissões.