O Núcleo de Projetos Estratégicos (NPE) da PRPGP atua na gestão e prospecção de propostas institucionais concernentes a investimentos em infraestruturas multiusuárias. As agências de fomento (como FINEP, CAPES) lançam editais para financiar projetos de pesquisa para aquisição de equipamentos de pequeno, médio e grande porte, execução de obras, contratação de serviços de Terceiros PJ e aquisição de material de consumo para manutenção de equipamentos multiusuários. Após a agência de fomento ter realizado o lançamento do Edital, a PRPGP / NPE lança um Edital Interno para receber propostas de subprojetos a fim de compor a proposta institucional a ser submetida a agência financiadora. Para o processo de avaliação, pesquisadores representativos de diversas áreas, com trajetória reconhecida na gestão de projetos de pesquisa de grande porte e de infraestruturas multiusuárias, são convidados para constituir Grupo de Trabalho com o objetivo de avaliar, selecionar e qualificar os subprojetos e a proposta institucional.
A Pró-reitoria de Pós-graduação e Pesquisa (PRPGP) anualmente lança uma chamada interna para receber propostas de subprojetos a fim de compor a proposta única da UFSM submetida ao Edital Pró-Equipamentos Institucional da CAPES, que financia projetos de pesquisa que contemplam equipamentos de pequeno porte de uso compartilhado, conforme o edital anual da CAPES. O Comitê Assessor, composto pelos representantes dos PPGs, seleciona e qualifica os subprojetos, compondo a proposta institucional a ser enviada. A chamada interna é lançada imediatamente após a disponibilização do edital da CAPES, que geralmente ocorre entre maio e junho de cada ano.
A Pró-Reitoria de Pós-Graduação e Pesquisa (PRPGP) mantem atualizada a lista de equipamentos lotados em infraestruturas multiusuários, provenientes de financiamento por agência de fomento.