O primeiro Plano de Desenvolvimento Institucional da UFSM vigorou no período de 2001 a 2005. O trabalho foi coordenado pela Pró-Reitoria de Planejamento.

O documento oficial, publicado em agosto de 2002, foi elaborado a partir da metodologia prevista na Portaria n. 1.466, de 12 de julho de 2001, e na ferramenta de Planejamento Estratégico adotada na época pela gestão da UFSM.

As definições do primeiro plano surgiram em reuniões dos gestores da administração central, que estabeleceram a missão, a visão de futuro e os valores da UFSM, bem como os objetivos estratégicos para o período.

Os resultados da avaliação institucional do Programa de Qualidade e Avaliação da UFSM, criado pelo Comitê Universitário, também foram usados como diagnóstico para o estabelecimento das metas deste e dos PDIs seguintes. Tal programa, vinculado diretamente ao Gabinete do Reitor, foi instituído pelo parecer n. 015/99, de 28 de abril de 1999.

O Programa de Qualidade e Avaliação da UFSM propôs uma sistemática que contemplou duas ações básicas. Por um lado, previu a existência de um Comitê Estratégico responsável pela criação de uma estrutura de planejamento institucional, por coordenar o posicionamento estratégico da UFSM diante do ambiente e por sustentar as ações da administração superior. Por outro, visou incrementar a sistemática de aperfeiçoamento da rotina administrativa e acadêmica através da criação de uma Comissão Executiva de Avaliação Institucional e do Grupo Técnico de Apoio à Qualidade, coordenados pelo Comitê Estratégico.

Dentro desses parâmetros, os primeiros resultados já surtiram efeito, por meio da avaliação interna do ensino de graduação da UFSM, ocorrida em 1999 e 2000.