A Coordenadoria do Sistema de Pagamentos (CPAG) tem como objetivo operacionalizar, manter e alimentar o sistema Siape com todas as informações necessárias para o processamento correto do pagamento de todos os servidores ativos e inativos da Instituição.
Constitui-se dos seguintes núcleos: Núcleo de Atendimento e Controle Orçamentário (Naco), Núcleo de Controle e Manutenção do Sistema de Pagamento (Nucomp) e Núcleo de Processos Judiciais (Nproj).
Responsável pelo atendimento presencial dos servidores e pensionistas e pela gestão documental e orçamentária da folha de pagamento.
Responsável pelas rotinas cadastrais e financeiras, acompanhando o servidor desde o ingresso até a aposentadoria, gerindo a vida funcional e as respectivas alterações salariais. Procede a inclusão e manutenção dos dados pessoais, funcionais e de ordem salarial dos servidores (ativos e aposentados).
Responsável pelo controle e acompanhamento das ações judiciais relativas ao pagamento de vantagens, alteração de remuneração, proventos de aposentadoria ou pensão, a qualquer título, e modificações cadastrais com reflexos, atuais ou futuros, em folha de pagamento, e para o cumprimento das respectivas decisões.