O projeto adota como metodologia uma abordagem transdisciplinar e participativa, portanto, refere-se a investigar o que é autêntico e relevante para o mundo real. Assim, as ações não serão limitadas por assuntos tradicionais, mas serão suportadas e enriquecidas por eles. Assim, delimita-se a bacia do Rio Ibirapuitã como área do estudo e a compreensão da sua realidade como principal foco resultante das interações entre o homem e a natureza. Ao partimos destas premissas podemos explorar fatores ligados a importância da água, da energia e do alimento e suas interrelações, conforme a abordagem multidisciplinar do “Nexus Água-Energia-Alimento” que ressalta que para uma avaliação tenha algum impacto a longo prazo, deve ser realizada como parte de um processo mais amplo de envolvimento e discutido com principais interessados e especialistas. O projeto se constitui de quatro eixos de ações, três ligados diretamente ao foco Água, Energia e Alimento e um quarto que integra os mesmos. O eixo integrador trabalha na perspectiva do Método MESMIS (Marco de Evaluación de Sistemas de Manejo incorporando Indicadores de Sustentabilidade) integrando as ações geradas em cada eixo através da construção de indicadores que represente os sistemas em estudo.
