O Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação, subunidade do Centro de Tecnologia, iniciou suas atividades como Programa de Pós-Graduação em Informática com a criação do Curso Stricto Sensu de Mestrado em Computação, homologado pela CAPES em agosto de 2006, nível 3, e criado pelo Conselho Universitário da Universidade Federal de Santa Maria (UFSM) em 29 de setembro de 2006. As atividades didático-científicas do PPGI iniciaram em março de 2007. Ao longo dos anos o programa passou por uma série de modificações. Em 2012, o Mestrado em Computação passou a se chamar Mestrado em Ciência da Computação. Em 2016, houve uma modificação no Projeto Pedagógico do Curso (PPC) e no nome do Programa de Pós-Graduação em Informática (PPGI), que passou a se chamar Programa de Pós-Graduação em Ciência da Computação (PPGCC).

Contando inicialmente com dez professores-orientadores, seu quadro docente era composto basicamente por professores que atendiam o curso de graduação em Ciência da Computação, que na época ofertava apenas 30 vagas anuais. Com a adesão ao Programa de Apoio a Planos de Restruturação e Expansão das Universidades Federais (REUNI) a UFSM expandiu significativamente o número de vagas na graduação. Só no CT, foi expandido de 30 para 120 vagas anuais (40 em Ciência da Computação, 40 em Sistemas de Informação e 40 em Engenharia de Computação). Além disto, foram criados outros dois cursos superiores de tecnologia no campus Sede e um de Sistemas de Informação no campus de Frederico Westphalen. Como resultado, em pouco mais de uma década houve um aumento significativo no corpo discente na área de Computação, com reflexo na pós-graduação. Consequentemente, o corpo docente do PPGCC também foi ampliado na última década com o ingresso de novos professores, os quais foram sendo alocados nos grupos de pesquisa do programa para desenvolver trabalhos integrados. 

Posicionar a Computação como área fim de pesquisa representa para a UFSM e seu PPGCC atender a uma demanda por inovação e por pesquisa acadêmica específica e necessária às organizações, à sociedade e ao país. Cabe mencionar que ter a Computação como foco em programa de mestrado é uma ação estratégica que está alinhada de forma coerente aos objetivos dos cursos de graduação do CT, em especial os de Ciência da Computação, Sistemas de informação e Engenharia da Computação, atendidos pelo Departamento de Eletrônica e Computação, Departamento de Computação Aplicada e Departamento de Linguagens e Sistemas de Computação, bem como dos cursos de Tecnólogo em Sistemas para a Internet e Tecnólogo em Redes de Computadores de outras Unidades da UFSM, permitindo uma continuidade na formação de profissionais.

Finalmente, o Programa reconhece que a qualidade conquistada pelos cursos de graduação em Ciência da Computação, Sistemas de Informação e Engenharia da Computação é um fator constante nas atividades dos docentes da Pós-Graduação. Todos os docentes estão empenhados em apoiar os discentes e motivados para formar profissionais na área de interesse do programa.