O objetivo geral do Programa de Pós-Graduação em Agronomia é possibilitar a formação de recursos humanos, formando Mestres e Doutores na Área de Concentração em Produção Vegetal, concomitantemente com o desenvolvimento técnico-científico na área de Agronomia. Para isso é implementada uma filosofia, com caráter interdisciplinar, com todas as sub-áreas da Agronomia, fundamentais ao desenvolvimento do Programa.
Os objetivos específicos do Programa são:
1. Desenvolver, adaptar e executar sistemas sustentáveis de cultivos agrícolas sob limitada disponibilidade de recursos naturais não renováveis e de contextos sócio-econômicos de contínua transformação;
2. Gerar, adaptar e difundir conhecimentos para o aumento da produção dos cultivos e qualidade dos produtos vegetais visando a melhoria das condições de vida do meio rural;
3. Contribuir para o desenvolvimento de tecnologias de produção vegetal que reduzam a poluição do ambiente e a degradação dos recursos naturais;
4. Oportunizar a participação de alunos dos Cursos de Graduação da Universidade Federal de Santa Maria e de outras Instituições em atividades integradas de pesquisa e extensão com segmentos da comunidade urbana e rural;
5. Ampliar a inserção regional, nacional e internacional da Universidade Federal de Santa Maria através do desenvolvimento e adaptação de novas tecnologias visando à preservação do ambiente;
7. Desenvolver uma visão acadêmica técnica e humanística através do exercício da cidadania e dos princípios éticos.